Pierre Rimbaud, Consultant en microbiomique clinique
Cofondateur de plusieurs entreprises dans le domaine microbiomique – 15 ans de pratique et d’enseignement de la médecine – 35 ans de conseil à l’industrie biomédicale, aux institutions et aux investisseurs en santé.
Le milieu vaginal est un remarquable écosystème qui joue un rôle crucial dans la biologie de l’appareil reproductif en faisant principalement barrière aux pathogènes. Les perturbations de cet écosystème, que l’on dénomme aujourd’hui des dysbioses, ont été reconnues comme la cause de troubles gynécologiques largement répandus. La microbiologie du vagin a ainsi été une importante préoccupation médicale depuis A. Doderlein à la fin du XIXe siècle, jusqu’à RP Nugent qui en a standardisé en 1991 l’analyse au microscope. Un progrès décisif dans la compréhension des dysbioses vaginales a été l’approche microbiomique menée dès 2008 par J Ravel à Baltimore le cadre du Human Microbiome Project.
Étrangement, le microbiote vaginal de l’espèce humaine lui est très spécifique. De la puberté à la ménopause, il est particulièrement sain quand sa diversité est faible (contrairement au microbiote intestinal) avec une importante dominance de lactobacilles. Cinq vaginotypes (Community State Types) ont été décrits par J Ravel en 2011 qui traduisent des différences interindividuelles fortes et durables en lien avec la génétique. Une importante variabilité intra-individuelle s’y ajoute néanmoins sous l’influence du cycle menstruel, de la grossesse, ainsi que de nombreux facteurs tels que les pratiques d’hygiène, l’alimentation, le tabagisme, le comportement sexuel, les traitements hormonaux et les pathologies systémiques.
La dysbiose vaginale se caractérise par une perte d’homéostasie bactérienne et épithéliale que mesure le score de Nugent ; elle peut entraîner un syndrome clinique appelé vaginose que révèlent les critères d’Amsel ; elle se voit aussi associée à divers risques gravidiques tels que la prématurité ainsi qu’à l’infertilité. La grande prévalence des pathologies féminines associées à des dysbioses vaginales et leur poids considérable dans les dépenses de santé confèrent désormais à l’approche microbiomique une importance majeure en gynécologie et obstétrique.
La question se pose donc aujourd’hui de la translation en clinique des progrès microbiomiques. Association n’étant pas causalité, rien ne prouve que la dysbiose soit la cause primaire des pathologies qui lui sont liées, les deux phénomènes pouvant avoir des déterminismes communs endocrinométaboliques et immuno-inflammatoires. Il n’empêche que la rupture d’homéostasie vaginale est en soi un facteur d’inflammation locale, voire d’infection susceptible d’accentuer et pérenniser les phénomènes pathologiques, et requiert donc d’être corrigée.
En clinique, la microbiomique vaginale comporte un volet diagnostique et un volet thérapeutique. En fonction des situations, elle servira à caractériser une dysbiose et évaluer un risque gynéco-obstétrical, individualiser un traitement et en évaluer la réponse. En thérapeutique, on sait que les probiotiques administrés par voie orale ou locale peuvent contribuer à l’homéostasie vaginale, que certaines molécules prébiotiques ou bioactives favorisent la prolifération des lactobacilles au détriment des pathobiotes, que le transfert de microbiote vaginal est réalisable ; mais on manque encore, dans les multiples indications envisageables, d’une démonstration solide des bénéfices cliniques de ces pratiques, notamment au-delà du court terme.
La microbiomique vaginale progresse de jour en jour et suscite logiquement un intérêt croissant des médecins et des investisseurs. Face aux nombreuses questions soulevées, c’est au concours des biologistes et cliniciens de faire aboutir des recommandations de pratique appelées à révolutionner la santé des femmes.
Session 4 – Focus sur le microbiote vaginal
#10 – Spécificités du Microbiote vaginal Djamel Drider, UMR-T BioEcoAgro INRAE 1158, Univ. Lille – Institut Charles Viollette
#11 – Diversité du microbiote vaginal : quantification et relation avec l’issue de la grossesse Sean P Kennedy, Research Scientist, Dpt of Computational Biology, Institut Pasteur
#12 – Diagnostiquer la Vaginose Bactérienne par Métégénomique Allessandra Cervino, CEO, Luxia Scientific
#13 – Quelles réponses à la dysbiose vaginale ? Pierre Yves Mousset, CEO, Gynov